Le musée, inauguré en janvier 1989, succède au premier musée de site créé en 1960 dans la villa des Arènes, actuel musée Matisse. Les collections concernent les âges des métaux, l'antiquité et se développent jusqu'au haut Moyen Age. Elles concernent la vie de Cemenelum et de la province des Alpes Maritimae, à travers les nombreux objets et documents officiels ou privés découverts lors des fouilles archéologiques de 1950 à 1969 dans le site acquis par la municipalité niçoise, mais aussi au-delà. En effet, des objets de toute la région ainsi que ceux découverts dans l'épave de la Fourmigue C au large de Golfe-juan, sont présentés